- 中華民國八十九年十二月十五日行政院（89）台秘字第 35051 號令訂定發布全文 36 條；並自八十九年十二月二十五日施行
- 中華民國九十年九月十九日行政院（90）台秘字第 048385 號令修正發布第 10、12、13、14、20、26、27 條條文；並增訂第 20-1 條條文
- 中華民國九十年十二月三十一日行政院（90）台秘字第 078548 號函發布通航試辦期間延展一年自九十一年一月一日起至十二月三十一日止
- 中華民國九十一年七月三十一日行政院院臺秘字第0910038435號令修正發布第 10、15、25～27 條條文；並增訂第 10-1、10-2、35-1 條條文；並定自九十一年八月一日施行
- 中華民國九十一年十二月三十日行政院院臺秘字第0910092923號函發布試辦通航期間延展一年自九十二年一月一日至十二月三十一日止
- 中華民國九十二年十一月十八日行政院院臺秘字第0920061568號令修正發布第 14 條條文；並自九十二年十一月二十日施行
- 中華民國九十三年三月一日行政院院臺秘字第0930082484號令修正發布第 1、5、6、7、10、10-1、10-2、11、12、13、15、17、23、35、35-1 條條文及第 27 條條文之附表；增訂第 12-1 條條文；並定自九十三年三月一日施行
- 中華民國九十四年二月二十二日行政院院臺陸字第0940005612號令修正發布第 10、10-1、10-2、12、13、14、15、20 條條文；並定自九十四年二月二十一日施行
- 中華民國九十四年九月二十八日行政院院臺陸字第0940046720號令修正發布第 29 條條文；並定自九十四年十月三日施行
- 中華民國九十五年四月二十八日行政院院臺陸字第0950019133號令修正發布第 10、10-1、10-2 條條文；並定自九十五年五月一日施行
- 中華民國九十五年十二月二十九日行政院院臺陸字第0950095723號令修正發布第 10、10-1、10-2、12、36 條條文；並自發布日施行
- 中華民國九十六年三月三十一日行政院院臺陸字第0960014012號令修正發布第 10、10-1、10-2、12、14、15、17～19 條條文；並定自九十六年三月三十一日施行
- 中華民國九十七年三月三十一日行政院院臺陸字第0970012595號令修正發布第 10、10-1、10-2、19 條條文；並定自九十七年四月一日施行
- 中華民國九十七年六月十九日行政院院臺陸字第0970087164號令修正發布第 10、10-1、13～15、20 條條文；刪除第 10-2、11、12-1、35-1 條條文；並定自九十七年六月十九日施行
- 中華民國九十七年九月三十日行政院院臺陸字第0970042578號令修正發布第 10、12、14、15、19、20-1 條條文；刪除第 25 條條文；並定自九十七年九月三十日施行
- 中華民國九十七年十月十五日行政院院臺陸字第0970046469號令修正發布名稱及全文 33 條；並定自九十七年十月十五日施行（原名稱：試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法）
- 中華民國九十九年七月十二日行政院院臺陸字第0990038036號令修正發布第 4、10、12～15 條條文；刪除第 27～29 條條文；並定自九十九年七月十五日施行
- 中華民國一百年六月二十八日行政院院臺陸字第1000033224號令修正發布第 6、12、13、19 條條文；並定自一百年六月三十日施行
|
