元年，奉文管理江南全省提督事務。十四年，因滇、閩寇警，添設提督一員，管理上江七府營務，駐劄安徽。將全省提督改為「江寧提督」 ，管理下江七府營務，原駐松江。十七年，部議將安徽提督裁去，復循舊制，管理全省提督事務。
提標中軍參將一員。初設立前、中、左、右、後五營。順治四年，標兵調往閩、廣援勦，暫設中、左、右三營。九年，調中、左二營往閩，右營駐松，管理城守。十年，海氛蠢動，復添設水師中、左、右三營。中、左二營屬提督管理，以右營屬蘇鎮管理。後蘇鎮改為崇明水師總兵，遂將中、左二營水師歸併崇明，復設今制。
中軍守備一員
左營遊擊一員
中軍守備一員
右營遊擊一員
中軍守備一員
前營遊擊一員
中軍守備一員
後營遊擊一員
中軍守備一員
「松江城守」 遊擊一員。
中軍守備一員
千總十二員
把總二十四員
馬戰兵一千四百七十九名，步戰兵五百一十四名，守兵三千一百九十三名，戰馬一千四百七十九匹，官自備馬一百三十四匹。
唬快船八十三隻
江南掌印都司一員。順治二年，改京為省，設管轄通省六十四衛。所設屯田都司同知一員，查比屯糧。設操捕都司僉書一員，管理捕務。設經歷、都事各一員。十二年，裁屯、操二司，屯田事務歸併本司，捕務悉併有司，又裁都事、斷事二官。本司所轄江寧等二十六衛，每衛設掌印守備一員，督理屯運、經徵黃快、馬政、「苜蓿、人丁新增」 等銀，解交本司。七年，改解藩庫千總三四五員不等管屯徵糧。十三年，將無運衛分《武德》《和陽》《豹韜》《鍾山》《上元左》、上元右、江寧中、《秣陵》《英武》《廣武》十衛，併入江寧左、江寧右、江寧前、《江寧後》《上元中》《上元前》、上元後、江淮左、江淮右、石城、《鎮南》《江陰》《興武》《鷹揚》《廣洋》《橫海》十六衛，各設掌印守備一員，督徵屯糧、增協等銀。每衛設管屯千總二員，徵輸屯米，解交戶部。康熙四五年間，解交本司，移解糧鹽二道。三十三幫，每幫設千總二員，更迭輓輸。十三年間，軍興浩繁，將江寧等十六衛裁去衛屬錢糧，併入州縣，議留江寧、上元、江淮、興武四衛，督運三十三幫，董理丁船事務。十九年，裁去江寧、上元二衛，止設江淮、興武二衛，其鳳、廬、淮、揚等三十八衛所，各設守備並「守禦一員，經徵屯折等項銀米、麥豆，解交江安藩司糧道。鳳倉兵備千總二員，更番領運。」 十七年，裁去懷遠、壽州、武平、六安、邳州、高郵等六衛，洪塘、鹽城、興化、泰州、通州、吳淞江、松江、青村、南匯等九所，錢糧歸併各州縣，徵輸運務，歸併鳳陽、淮安、揚州、金山等二十三衛所管理。本司駐劄江寧府城，職司糾率衛所守千各官。今循其制，經歷一員
防汛附
安慶府江防
皖城扼江、楚之咽喉，為金陵之屏蔽。馬當控制，南岸小孤橫踞中流，盜賊之出沒無常，兵營之追勦互應。舊日操江駐此，今屬安徽撫院坐鎮，題設副將一員。其原額官兵，一分左軍作城守，一分右軍併李陽河，分作江防，以原李陽營守備領之，仍統轄沿江遊兵奇兵、瓜洲等營。其在懷寧、桐城、望江三縣邊臨大江，沿江一帶施設汛地共二十五處，咸有墩臺敵樓。各汛地屬城守營，每處撥兵防守。
右軍派防南岸二十七處，計程三百六十里。所轄烽火磯、馬當，係彭澤縣地方。
響水磯香口、烏石磯、東流、吉陽、黃石磯、高家嘴渡船口官場係東流縣地方。
黃湓寶賽磯李陽河烏沙夾、中夾口，水凍灣池口流波磯仙姑廟郭港海埂伍埠溝江心荷葉洲，係貴池縣地方。
「大通洋」 「山磯橫港係《銅陵縣》地方。」
「右軍」 派防北岸二十九處，計程三百八十里。所轄毛湖洲、喻家洑、沙灣，係彭澤縣地方。
「中夾口」 黃家塅、桃樹灘、雷港、十家套、江心、蓮花洲、路溝、土嘴，係望江縣地方。
