另設副將
左營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
右營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
敘馬營遊擊一員，駐劄敘州府。原設敘州總兵官。順治十年裁。康熙四年，設敘馬營遊擊守備一員 ，千總二員
把總四員
大壩營守備一員 ，把總一員。
建武營遊擊一員。駐劄建武城。
守備一員 ，千總一員。
把總二員
馬邊營守備一員 ，千總一員。
把總二員
龍場營守備一員 ，把總二員。
夔州城守副將一員，駐劄夔州府。標下左右二營，管轄「昌寧營、巫山營、達州營、太平營、梁萬營。」 原設總兵官，康熙十年裁，改設副將。
左營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
右營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
昌寧營遊擊一員。駐劄大昌縣
守備一員 ，千總二員。
把總四員
巫山營遊擊一員。駐劄巫山縣
守備一員 ，千總二員。
把總四員
達州營遊擊一員。駐劄達州
守備一員 ，千總二員。
把總四員
太平營都司僉書一員
千總一員 ，把總二員。
梁萬營參將一員。駐劄萬縣
守備一員 ，千總二員。
把總四員
遵義副將一員，駐劄遵義府，標下左、右二營，管轄仁懷營，原設總兵官。康熙十年裁，改設副將。左營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
右營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
仁懷營守備一員 ，千總一員。
把總二員
舊設
雲陽水師總兵官一員。標下設中、左、右三營官。康熙八年裁。
《龍安》總兵官一員順治八年裁。
《成都》總兵官一員，順治八年裁。
《敘州》總兵官一員，順治十年裁。
夔州總兵官一員，順治十年裁。十五年，設重夔總兵官。康熙八年，改為夔州總兵官。十年，裁遵義總兵官一員。標下設中、左、右三營官。康熙十年裁。
廣元營副將守備各一員。
廣元步兵遊擊守備各一員。
廣元屯田遊擊守備各一員。
昭化屯田遊擊守備各一員。
寧羌營屯田遊擊守備各一員。已上順治十五年裁。
合州營守備一員
順慶營守備一員。已上康熙七年裁。。
