銅山副將一員，駐劄銅山，原設「援勦」 前鎮總兵官。康熙十九年，改為銅山總兵官。二十三年裁，改設副將。
左營遊擊一員，原設守備一員。康熙二十五年，裁 千總二員。
把總四員
右營遊擊一員，原設守備一員。康熙二十三年，裁 千總二員。
把總四員
舊設中營遊擊等官，《銅山》鎮標遊擊等官，俱康熙二十三年裁。
海澄營遊擊一員，駐劄海澄縣，原設副將。康熙八年裁，十八年復設，二十三年裁。
守備一員 ，千總一員。
把總二員
舊設「中營」 遊擊等官，康熙八年裁。「左營」 遊擊等官，康熙二十三年裁。
雲霄營守備一員。原設守備二員。康熙十八年，添設參將一員。二十三年，裁守備一員。二十五年，裁參將一員 ，千總二員。
把總三員
詔安營遊擊一員，駐劄詔安縣。
守備一員 ，千總二員。
把總四員
桐山營遊擊一員，駐劄桐山堡。原設遊擊。康熙十年裁，十一年復設 守備一員
千總二員 ，把總四員。
《閩安》水師副將一員，駐劄閩安鎮。
中營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
左營守備一員，原設遊擊一員。康熙二十三年，裁 千總二員。
把總四員
烽火營遊擊一員，駐劄秦嶼。
守備一員 ，千總二員。
把總四員
舊設「閩安」 陸營參將等官，康熙二十四年，裁浙閩楓嶺營守備一員。
千總一員 ，把總二員。外有遊擊等官，屬浙江管轄。
臺灣鎮
「鎮守臺灣」 總兵官一員，駐劄臺灣府標下中、左、右三營，兼轄南路營、北路營、水師營、澎湖水師營。
中營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
左營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
右營遊擊一員 ，千總二員。
把總四員
臺灣南路營參將一員，駐劄鳳山縣。
守備一員 ，千總二員。
把總四員
臺灣北路營參將一員，劄駐佳里興。
守備一員 ，千總二員。
把總四員
臺灣水師營副將一員，駐劄紅毛城。
中營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
左營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
右營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
澎湖水師副將一員，駐劄娘媽宮。
左營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
右營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
閩粵南澳鎮詳見《廣東》。
左營遊擊一員 ，守備一員。
千總二員 ，把總四員。
舊設
右路總兵官一員。標下設中、左、右三營官。順治六年，改為「泉州總兵官。」 十一年，改為「隨征中路總兵官。」 康熙六年裁。
隨征左路總兵官一員。標下設中、左、右三營官，順治十六年裁。
隨征右路總兵官一員。標下設中、左、右三營官，康熙六年裁。
閩安水師總兵官一員。標下設中、左、右三營官。康熙元年，改為水師左路總兵官。八年裁
