萬曆元年議准各軍支米月分，照舊徵銀二錢五分， 支銀月分徵銀二錢七分。米折銀，月分徵銀三錢五 分。各衛掌印官照數徵收。除本工雇夫匠支用外，其 餘類總解部，以充買料支用。
元年，議准「山西屯田僉事移駐應州，專管山西三關、 大同一鎮屯務，兼清渾應山場、北樓營伍、各軍民田 地。」
元年、令蘭州一帶主客錢糧、皆屬郎中管理。凡出入 糴買糧草、先於臨鞏兵備道掛號、定價後、郎中發銀 收放
萬曆二年、令南京戶部監收主事四員、分管各倉。照 舊居住官房。如有不住公館者、許提督官指名、照例 參治
萬曆二年令萬曆三年秋糧、於應解太倉派剩米折 銀內改撥米九萬石。內浙江布政司二萬石俱徵本 色，徑解南京戶部交納，以備南京兵部新收軍士支 用
又令南京各衛「領運全單」，先期咨南京戶部，照單扣 算行糧，另給紙牌，連原單發與運官，前赴兌糧，水次 支領。仍行各府州縣將解南糧秏米席竹驢腳等項， 照例隨正糧徵辦。除照牌給單外，其餘盡解南京。 又令撫按各行司道府州縣以後水兌，不拘紅白蒸 稻，審其地土所產，定其應納米色，明載批文，司道辦 驗轉文先將定過各州縣米色，一呈本部一呈糧儲 案。候投文之日驗批相同即撥倉場交納。
又令南京戶部查照《題准事例》，「各倉官攢經收一厫 放盡，即行監收官查盤。正米虧折，與折秏至二百石 以上者，責限均賠，仍送法司問罪。」
二年，鑄給監督徐州、淮安、臨清、德州、天津倉關防。 二年，給昌平管糧通判關防，令兼理居庸關商稅。 二年，鑄給監收肅州倉、臨洮府帶銜通判、固原州倉、 平涼府帶銜通判，靖虜、甘州、涼州、莊浪、西寧、洮州六 倉、鞏昌府帶銜通判、兼收永豐倉同知各關防。 萬曆三年，題准修建倉厫，規制俱以樣厫為準，各委 官及作頭姓名刻扁懸記。如十年之內即有損壞者， 責令賠修，仍治其罪。
萬曆五年題准：「各邊糧儲郎中有缺，於員外郎、主事 內擇其才守素優，資俸相應者充任。俱候三年滿日， 預呈戶部，移咨吏部，選補一員，前往交代。將任內經 手錢糧，逐一交盤明白，回部聽候考察。中間果有廉 能勤慎，有裨邊儲者，另行優錄。其怠肆不職者，查訪 得實，不時議處。」
萬曆七年，題准「裁革京倉經歷五員，通倉經歷一員。」 七年，定「車戶、車腳。」在京東倉，每石給銀一分六釐，西 倉，每石給銀二分一釐。通州西倉、西門、南倉、北門，每 石銀一分一釐。西倉、南北二門、南倉、東門，每石銀一 分。中倉、三門，每石銀七釐。
萬曆八年，裁革蘇松管糧參政一員。
八年，裁革山東、河南京糧道參政二員。
又裁「山西屯糧參政、『山東督糧參政、『河南督糧參議、 廣東管糧參議、『貴州督糧參議、『廣西管糧參政、福建 督糧參政、『四川督糧參政、『雲南督糧參政各一員』』』』』』。」其 糧務歸併右參政管理。
萬曆九年題准每年修倉厫底，板木近土，米易浥爛， 議用城磚砌墁，方置版木鋪墊。厫門厫牆偏留下孔， 以洩地氣。仍將修過厫座、用過錢糧具奏。 九年題准、臨德、天津等倉委官三年一次盤驗明白， 即將官攢照例起送，免其守支。
萬曆十一年，復設山東、陜西督糧左參政，福建、山西 督糧右參政各一員。
萬曆十二年議准、內府錢糧、及內外倉場糧草、并各
處軍需等項、不拘起存、但有包攬
騙銀一百兩、糧
二百石以上不行完納者，照弘治十三年例問發。
京倉舊太倉十一衛
舊厫三百六座，見在厫二百三十六座，計一千二百 十五間，空地五十三座。錦衣衛見厫二十座，內二座 六間，一座七間，餘俱五間，空地八座。羽林前衛見厫 二十四座，內一座四間，四座六間，三座七間，餘俱五 間，空地四座。《大寧》中衛見厫二十一座，內一座三間， 二座六間，餘俱五間，空地七座。神武左衛見厫二十 「座，內三座六間，餘俱五間，空地三座。」「昭陵衛見厫二 十五座，內二座三間，一座四間，一座七間，一座八間， 餘俱五間，空地三座。」「忠義前衛見厫二十三座，內二 座四間，二座六間，一座七間，餘俱五間，空地三座。」「《忠 義》後衛見厫十九座，內一座四間，一座六間，餘俱五 間，空地五座。」「蔚州左衛見厫二十座」，內一座四間，四 座六間，二座七間，餘俱五間，空地五座。景陵衛見厫 二十四座，內四座六間，一座七間，餘俱五間，空地五 座。獻陵衛見厫十九座，內二座四間，五座六間，餘俱 五間，空地五座。《義勇》右衛見厫二十一座，內一座六 間，餘俱五間，空地五座
