滇西北縣域種子植物名錄數據集
| 滇西北縣域種子植物名錄數據集 作者：李文慶 尹昭吉 陳凱雲 陳家輝 2020年4月30日 |
 李文慶, 尹昭吉, 陳凱雲, 陳家輝. 滇西北縣域種子植物名錄數據集[J/OL]. 中國科學數據, 2020. (2020-04-27). DOI: 10.11922/csdata.2020.0023.zh. |
摘要&關鍵詞
[編輯]摘要：滇西北處於全球生物多樣性熱點地區之一橫斷山的南端，植物多樣性豐富，然而植物空間分布數據仍較為欠缺，沒有縣域分布數據。通過整合涉及滇西北的植物志書、野外科考報告、區域性生物多樣性專著、國內外分類學學術期刊發表的新類群和新記錄、各大標本館及公共數據庫等資料，參照最新的分子系統學和分類學成果，構建滇西北縣域種子植物名錄數據集。本數據集由滇西北16個縣的縣域被子植物和裸子植物物種名錄組成，包含拉丁目名、中文目名、拉丁科名、中文科名、學名、中文名、縣級分布7個類型字段信息，共5447種。本名錄可以為滇西北豐富的種子植物多樣性的研究和保護提供數據支持。
關鍵詞：滇西北；種子植物；縣域；名錄
Abstract & Keywords
[編輯]Abstract: Northwest Yunnan locates in the south part Hengduan Mountains, which is one of the global biodiversity hotspot. This region possess rich plant diversity, but plant distribution data (especially county-level) is far from sufficient. In this study, we archived a catalogue of county level seed plants in Northwest Yunnan using latest taxonomic system, through integration of literature (existing floras, books, new species and new records), specimen and public database involve Northwest Yunnan. This dataset consist of checklist of 5,447 seed plants species of the 16 county of Northwest Yunnan, including seven parts of data: order name in Latin, order name in Chinese, family name in Latin, family name in Chinese, scientific name, Chinese name and distribution data of county-level. This dataset has research value and will potentially facilitate conservation of rich seed plants species in Northwest.
Keywords: Northwest Yunnan; seed plants; county-level; catalogue
數據庫（集）基本信息簡介
[編輯]| 數據庫（集）名稱 | 滇西北縣域種子植物名錄數據集 |
| 數據作者 | 李文慶、尹昭吉、陳凱雲、陳家輝 |
| 數據通信作者 | 陳家輝（chenjh@mail.cn） |
| 數據時間範圍 | 1400–2019年 |
| 地理區域 | 滇西北（24°38′–29°15′N，98°05′–101°16′E），其中包括：隆陽區、騰衝縣、瀘水縣、福貢縣、貢山縣、維西縣、蘭坪縣、雲龍縣、劍川縣、洱源縣、大理市、漾濞縣、玉龍縣、香格里拉市、德欽縣、寧蒗縣。 |
| 空間分辨率 | 縣級 |
| 數據量 | 787 KB，合計總數據量20,467萬條 |
| 數據格式 | *.xlsx |
| 數據服務系統網址 | http://www.sciencedb.cn/dataSet/handle/979 |
| 基金項目 | 生態環境部，生物多樣性調查評估項目（2019HJ2096001006） |
| 數據庫（集）組成 | 數據集包括滇西北地區種子植物68目194科1158屬5447種，其中被子植物63目188科1146屬5427種（含種下等級），裸子植物5目6科12屬20種（含種下等級）。數據內容由7部分組成，分別為拉丁目名、中文目名、拉丁科名、中文科名、學名、中文名、縣級分布。 |
Dataset Profile
[編輯]| Title | The catalogue of seed plants in Northwest Yunnan Province |
| Data corresponding author | Chen Jiahui (chenjh@mail.kib.ac.cn) |
| Data author(s) | Li Wenqing, Yin Zhaoji, Chen Kaiyun, Chen Jiahui |
| Time range | 1400 – 2019 |
| Geographical scope | 24°38』N – 29°15』N, 98°05』E – 101°16』E, specific areas include: Longyang district, Tengchong county, Lushui county, Fugong county, Gongshan county, Weixi county, Lanping county, Yunlong county, Jianchuan county, Eryuan county, Dali county, Yangbi county, Yulong county, Shangri-la county, Deqin county, Ninglang county |
| Spatial resolution | County-level |
| Data volume | 787 KB, with 20,467 data entries in total |
| Data format | *.xlsx |
| Data service system | <http://www.sciencedb.cn/dataSet/handle/979> |
| Source(s) of funding | The Biodiversity Survey and Assessment Project of the Ministry of Ecology and Environment, China (2019HJ2096001006). |
| Dataset/Database composition | This dataset covers seed plants of 5,447 species (including infraspecies) affiliated to 1,158 genera, 194 families under 68 orders, including 5,427 species of angiosperms affiliated to 1,146 genera, 188 families under 63 orders, and 20 species of gymnosperms affiliated to 12 genera, 6 families under 5 orders. The dataset includes information on the plants』 order name in Latin, order name in Chinese, family name in Latin, family name in Chinese, species name in Latin, species name in Chinese and County-level distribution. |
引 言
[編輯]滇西北地處青藏高原南緣，屬於橫斷山的南端，特殊的地質地貌、複雜多樣的氣候類型與縱橫交錯的河網水系，使該地區成為我國乃至世界生物多樣性豐富和獨特的地區之一[1]。該地區位於雲南省西北部，在行政區劃上包括迪慶藏族自治州、怒江傈僳族自治州、麗江市、保山市和大理白族自治州。在2010年9月17日發布的《中國生物多樣性保護戰略與行動計劃》 （2011−2030年）中，滇西北被認為是8個優先保護區域之一的西南高山峽谷區的主要組成區域。此外，在《中國的生物多樣性：現狀及其保護對策》[2]一書中提出的我國14個具有國際意義的陸地生物多樣性關鍵地區中就包括滇西高山峽谷地區。滇西北面積為79800 km2，占比不到國土面積的1％，卻擁有全國約三分之一的高等植物，然而生物多樣性空間分布數據卻十分欠缺[3]。
生物物種名錄是一個自然地理區域或行政單元的生物區系本底性的基礎資料[4]，物種名錄的編目是一個需要及時更新的動態過程。2006年完成的《雲南植物志》[5]、2004年完成的《中國植物志》[6]和2013年完成的第二版《Flora of China》（50卷）[7]，反映了學者們對雲南包括滇西北地區高等植物認識的階段性成就，在一定程度上補充和完善了對雲南植物物種多樣性的認識。然而，區域性（滇西北等）生物多樣性評估非常有限，物種精確的分布、狀態和變化趨勢大都不清楚[8][9]。加之隨着近年來對滇西北地區生物多樣性調查和研究的深入，大量的新分類群和新記錄物種的發現和發表，以及分類學和系統學的深入研究導致大量科、屬和種範圍界定和系統位置發生變化等原因[10]，編制滇西北種子植物名錄並建立及時更新制度與平台對於區域性生物多樣性研究和保護與利用實踐都是十分重要的。
1 數據採集和處理方法
[編輯]1.1 數據源
[編輯]滇西北縣域種子植物名錄數據集的來源主要包括以下4種：
（1）該區域的植物志書和區域性生物多樣性專著：如《中國生物多樣性紅色名錄—高等植物卷》、《中國生物物種名錄（2019版）》、《中國植物志》、《Flora of China》、《中國珍稀瀕危保護植物名錄》、《國家重點保護野生植物名錄》、《雲南植物志》、《雲南省生物物種名錄（2016版）》、《雲南生物物種紅色名錄（2017版）》、《雲南種子植物名錄》、《青藏高原維管植物及其生態地理分布》和《橫斷山區維管植物》等。
（2）文獻：國內外分類學學術期刊發表的涉及到滇西北區域的類群的分類學修訂以及該區域有分布的新類群和新記錄。
（3）標本館及公共數據庫：收集中國科學院昆明植物研究所標本館（KUN）、中國科學院植物研究所標本館（PE）、中國科學院成都生物研究所植物標本館（CDBI）、四川大學植物標本館（SZ）、中國科學院西北高原生物研究所植物標本館（QTPMB）、西藏高原生物研究所標本館、雲南大學標本館（PYU）等高校和科研院所滇西北高等植物的館藏標本信息，以及中國數字植物標本館（CVH，http://www.cvh.org.cn），中国国家标本资源平台（NSII，http://www.nsii.org.cn/），全球生物多样性信息网络（GBIF，https://www.gbif.org/）等分类学公共网络数据平台的滇西北高等植物的标本信息。
（4）補充和更新近年的野外考察成果和專家建議的觀點。
將通過以上各種數據源整合得到的種子植物名錄和地理分布的集合數據錄入EXCEL，以方便後面處理。
1.2 數據處理
[編輯]（1）異名處理
通過分類學名稱解析系統（Taxonomic Name Resolution Service, TNRS, http://tnrs.iplantcollaborative.org/）[11]平台對整合的種子植物名錄集合數據中的科名和學名進行核對，TNRS數據庫數據來源於Tropicos、Global Compositae Checklist、USDA Plants和NCBI Taxonomy[12]。根據匹配結果得分，匹配程度（Over score）低於0.9的學名參考《中國植物志》、The Plant List （http://www.theplantlist.org/）、物种2000（http://www.sp2000.cn/joaen/index.php）、Flora of China（http://www.efloras.org/flora_page.aspx?flora_id=2）等中的物种接受名（Accepted name）進行人工逐一核對和處理。
（2）分類系統
參照最新的分子系統學和分類學成果決定啟用的名稱和系統位置。近年來，分子系統學研究對科的範疇和系統位置確定有很重要的影響，新的研究結果往往會導致新科屬的發表或老的科屬名的重新啟用，因此我們對科、屬範疇的界定儘量參照最新的分子系統學研究成果。裸子植物系統採用Flora of China系統，被子植物系統採用APG Ⅳ系統[10]。
（3）種下等級處理
為了細化植物多樣性，採用變種或亞種的概念。當一個種的種下有2個以上的亞種或變種，若僅僅是某變種／亞種（包括原變種／亞種）分布於滇西北，則僅收錄該變種／亞種[10]。
（4）提取地理分布
從上述已經進行異名處理後的種子植物數據集中按照地理分布信息分別提取出隆陽區、騰衝縣、瀘水縣、福貢縣、貢山縣、維西縣、蘭坪縣、雲龍縣、劍川縣、洱源縣、大理市、漾濞縣、玉龍縣、香格里拉市、德欽縣、寧蒗縣這16個縣域中的被子植物和裸子植物名錄數據，最終形成滇西北地區縣域種子植物名錄數據集。針對歷史採集信息，存在許多地點描述不規範和信息缺失的問題，同時考慮我國行政區劃在不斷發生更替，早期的很多地名已經發生變化[13]，因此還進行了手工逐條校對並更正。
（5）中文名選用原則
種選用的中文名主要依據《雲南植物志》中物種的中文名稱，對於沒有記載或者匹配失敗的，依次選用《中國生物多樣性紅色名錄·高等植物卷》和《Flora of China》所記載的中文名。
2 數據樣本描述
[編輯]數據集合計總數據量為20467萬條，每條目包含一個縣級分布地，具體包括滇西北地區種子植物68目194科1158屬5447種（含種下等級），其中被子植物63目188科1146屬5427種（含種下等級），裸子植物5目6科12屬20種（含種下等級）。數據內容由7部分組成，分別為拉丁目名、中文目名、拉丁科名、中文科名、學名、中文名、縣級分布（見圖1）。
圖1 滇西北種子植物數據集
3 數據質量控制和評估
[編輯]為了對數據質量進行控制和評估，我們採用工作組初審和專家會審和函評的工作流程。初審主要由工作組完成，即根據以上原則對滇西北記錄的所有物種名稱進行逐一審核。邀請雲南省內外有關分類學專家進行專家審核會，專家組成員提出質疑，由工作組成員根據專家意見進行審核和修改。對一些從事專科專屬研究的專家，則採用發送邀請函，通過電子郵件的方式邀請專家對相應的科屬進行審核。由專家出具書面審核意見和建議。工作組根據專家的審核意見和建議進行修改、調整和完善。
4 數據價值
[編輯]滇西北是中國西南山地這一全球生物多樣性熱點地區的核心區域，但其生態環境十分脆弱、經濟社會發展相對滯後，進行該區域植物多樣性摸底調查對於這一重要區域的生物多樣性保護和科學利用是十分必要的。本數據集可以為掌握生物多樣性空間分布規律和明確滇西北地區植物保護空缺提供數據支持，為提出優先區域生物多樣性的保護與監管對策以及政府決策提供依據和基礎資料，為我國未來開展大尺度的生物多樣性本底調查與評估提供案例。
致 謝
[編輯]感謝參與滇西北種子植物名錄編目的工作組付出的時間和精力，感謝專家組所有人提供的悉心指導和寶貴建議。
參考文獻
[編輯]- ↑ 張燕妮, 張志明, 耿宇鵬, 等. 滇西北地區優先保護的植物群落類型[J]. 生物多樣性, 2013, 21(3): 296-305.
- ↑ 陳靈芝. 中國的生物多樣性：現狀及其保護對策[M]. 北京: 科學出版社, 1993.
- ↑ 武建勇, 彭華, 蔣學龍, 等. 滇西北縣域生物多樣性本底調查與評估[J]. 生物多樣性, 2016, 24(12): 1414-1420.
- ↑ 馬克平. 中國生物多樣性編目取得重要進展 [J]. 生物多樣性, 2015, 23(2): 137-8.
- ↑ 中國科學院昆明植物研究所. 雲南植物志[M]. 北京: 科學出版社, 1977-2006.
- ↑ 中國科學院中國植物志編輯委員會. 中國植物志[M]. 北京: 科學出版社. 1959-2004.
- ↑ Flora of China Editorial Committee. Flora of China[M]. Beijing: Science Press and Missouri Botanical Garden Press, 2013.
- ↑ 孔麗梅, 馮建孟. 滇西北地區瀕危植物的多樣性、地理格局及其形成機制[J]. 重慶師範大學學報(自然科學版), 2014, 31(3):49-54.
- ↑ 陳麗, 董洪進, 彭華. 雲南省高等植物多樣性與分布狀況[J]. 生物多樣性, 2013, 21(3): 359-363.
- ^ 10.0 10.1 10.2 陳家輝, 鄧濤, 張代貴, 等. 雲南省種子植物名錄數據集[J/OL]. 中國科學數據, 2018, 3(1). (2018-02-24).
- ↑ 王鈞傑, 陳國科, 馬克平. 植物學名校訂工具[J]. 生物多樣性, 2015, 23(2): 252-253.
- ↑ Brad B, Nicole H, Lu Z, et al. The taxonomic name resolution service: an online tool for automated standardization of plant names[J]. BMC Bioinformatics, 2013, 14(1): 1-15.
- ↑ 陳彬, 馬克平, 王利松, 等. 生物多樣性信息學研究進展[J]. 生物多樣性, 2010, 18(5): 429-443.
數據引用格式
[編輯]李文慶, 尹昭吉, 陳凱雲, 陳家輝. 滇西北縣域種子植物名錄數據集[DB/OL]. Science Data Bank, 2020. (2020-04-22). DOI: 10.11922/sciencedb.979.
