五臟六腑，合手厥陰心包，則六臟六腑，是為十二經脈，其中並無命門之臟腑。前人妄以三焦屬命門，謬矣！考之《銅人圖》，有命門穴，在脊十四椎腎俞間。《靈樞•根結論》有云：根於至陰，結於命門。命者，目也。由此說推之，則目之中央，是為命門，乃足太陽膀胱經脈之所結也；腎俞中央，是為命門穴，乃足少陰腎臟之所通也。腎為水臟，膀胱為水腑，而命門則通于水臟水腑之經脈焉。
