彭辨之改建土地祠於縣倉之北。嘉靖四年，縣丞解明通重修正堂，增置衙舍。知縣曾玉一重修大門、儀門。嘉靖六年，知縣王某仍於後堂東偏建「思補亭」 三間。亭之南建冊庫三間，即架閣庫。七年，建旌善亭三間，與申明亭對峙。重修譙樓。嘉靖三十八年，知縣何鎣於儀門外闢通兩道，東穿太平巷，西穿松楊巷。四十一年，知縣張應亮以堪輿言不便，東偏建賓館三間，塞其巷道；西偏亦建亭塞之，與館相對。又以正堂卑隘且圮，更建恢擴。萬曆三年，知縣萬士禎重建譙樓，杭郡陳善為之記。二十七年，縣丞李果改造本衙廳舍，較舊軒敞。二十九年，譙樓回祿，知縣盧欽明改造大門三間。三十一年，知縣程汝繼仍改創譙樓五間，匾曰「清遠」 ，并改儀門三間，堂後創集瑞樓五間，規模壯麗。三十九年，知縣戴日強以照牆逼隘，遷之街南，於牆址建坊，屏蔽內外。四十年，於後堂左偏改造架閣庫樓，以置冊籍。更造銀庫，覆以巨石，重其啟閉。右偏增造公餘讀書軒三間，堂左修飾鑾駕庫，用尊儀仗。衙內增造論世軒三間，六房卑圮，壘石增塞。更為創造砌築東西兩道，周圍加葺牆垣，獄內倍加堅築。衙內造更樓三間，鑄大鐘於譙樓。縣丞重建貼堂公署。主簿重建巡捕廳、典史重建贊政廳。因年久傾圮。
皇清康熙八年，知縣張思齊重修內署衙舍止餘樓。
屋三間，小堂三間，甚為湫隘。又於小堂東偏添建平屋五間，貯米鹽零雜供炊爨。「西偏添建書屋南北各三間，為公餘讀書之所。後建平屋六間，以為寢室。」 又於西偏之下，南蓋茅屋四間，廣敞不立門戶，涼風四集，堪滌煩暑。北蓋平屋三間，復以牆外主簿舊衙廢址闢為園圃，種植菜蔬，得自贍給，不擾累民間。園北構茅屋三間，以課子弟。最南構茅屋三間、以居巡更守舍者。衙署完固。得以永存云。
縣丞署 在正堂東北
主簿署 在正堂西北，今廢。
典史署 在縣丞署南
察院 不詳所在
布政分司 在縣治東半里儒學之前。明正統六年，縣丞丘希岳建。正廳三間，抱廈三間，左右夾室，穿堂一間，後堂三間，東西廊屋各三間，儀門三間，正門三間，庖湢之所畢具，周繚以垣。後圮。嘉靖二年，知縣喻江重建。今圮，遺址尚存。按察分司 ，在縣東。明洪武年間，知縣梁初建。正廳三間，抱廈三間，左右夾室，穿堂一間，後堂三間，東西廊屋各三間，儀門、正門各三間。庖湢之所畢具，周繚以垣。萬曆三十三年，知縣程汝繼重建正堂於大門外。左造府館三間，右造縣館三間，供給所一間。四十三年，知縣戴日強於堂左增抄案房一間，加修垣宇高敞，大門又建「貞度坊」 於門。今圮址存。
府館 在儒學東二十步。正廳三間，穿堂一間，後堂、正門各三間。庖湢之所畢具，周繚以垣。今圮址存。
石瀨巡檢司 在縣東北三十五里。宋、元皆建於此，今廢。
石瀨稅課局 在縣東南二里市司坊內。明洪武初開設。弘治間裁革。
河泊所 在縣東三里集慶坊西。明洪武十三年開設，後革。
陰陽學 ，在縣南橫街安福坊東。明洪武十七年開設。今圮，不復建。
醫學 在縣前三里三皇廟側。明洪武三年，開設「惠民藥𡱈。」 本學復徙於縣之東南。十七年就開設於惠民藥局內。今遺址尚存。
僧會司 在縣南二里永安寺內。明洪武十五年開設。
道會司 在縣南十八里洞霄宮。明洪武十五年開設。
預備倉 在縣治東南一里際留坊內舊治基之上。元置際留倉，後兵燬。明洪武二年，建岑山驛於其上，後革驛。十一年，知縣梁初改為預備南倉。正德五年重修。今在法喜寺巷東，後圮址存。按《成化志》：「永樂三年，知縣相源建。凡三所，一在縣治東南二里德茂坊，一在縣北二十五里後沓界，一在石瀨市。」 以上四倉，年歲豐稔，勸民出穀收貯，以備賑濟。
便民倉 在靈源二三保城署橋東。明正統六年建。嘉靖中，令李鵬徙部伍橋。
皇清康熙元年，令宋吉士重修。
餘杭倉 唐順帝永貞初，張綱為守，奏置餘杭。
