嘉靖丙辰，倭入，焚之殆盡。丁巳，同知毛德京掌縣事，概新之，規制視前加勝。隆慶元年，令黃議平其橋。萬曆十年，湯聘尹始建寅賓館於土地祠前，遷「申明堂」 於縣治內。明末盡壞。
皇清初，令蔣成棟新其堂，後漸修復。
縣丞署 在縣治東北。明末裁，令湯聘尹葺為東衙。後令顧震宇因舊址創為「河陽館」 ，今圮。主簿署 在縣治西，今廢。
典史署 ：在後堂東北。康熙十一年，典史宋應顯葺。十三年，圮後修葺。
布政分司 在縣治西二百步市橋上。明正統三年重建。嘉靖間燬於倭，同知毛德京重建，久圮。
皇清康熙元年，令康明遠重修。
按察分司 在縣左五十步。明洪武三年建，今廢。
府廳公館 在顯慶寺西，廳房與分司同，今廢。稅課局 在縣西三十步。明洪武間，即舊驛館改置。
河伯所 在河埠，明洪武十四年設。
巡檢司 有二
醫學 在陰陽學東，明洪武十年建。
陰陽學 在按察司東，明洪武十七年建。僧會司 ，在顯慶寺，明洪武十五年建。
道會司 在峽山，明洪武十五年建。
慈濟倉 在酒坊巷東。元令聞人仲修建。收三廢寺之租，以濟貧民。即今城隍廟址也。
平濟倉 在顯慶寺左。宋端平中，丞諸葛宣建，貯雇役之贏粟以濟民。
養濟倉 宋嘉定間，尉王籥建，以給孤貧。「社倉 」 ：宋淳熙間，用朱文公之法，置於寺觀，凡十倉。今久廢。
養濟院 在稅務巷東。舊在東門外，宋朱文公徙於此，今存一，在迎恩橋之南，今廢。
漏澤園 有三：一在縣西北三里，宋崇寧四年建院以僧守之。一在縣東白水溪。一在縣北二里，宋淳祐元年邑官陳圭建，亦創庵以僧守之。寧海縣治 舊在廣度里，晉初設白嶠，唐徙海游，永昌元年徙今處。宋皇祐二年，令李純師重建。隆興二年，令薛抗修。元燬於火。明洪武初，制令知縣以下悉置廨宇及吏舍。於是度故址，中為正廳，東西耳房，改「問政堂」 為幕廳，置日晷，闢甬道，立戒石亭。前建儀門，門東為土穀祠，為存留倉，西為冊局，為犴狴，兩旁置榜房，《申明》、「旌善」 二亭，直抵衙樓。又前為治平門，正廳後為後堂，北列知縣、丞、簿宅，而典史宅則置於幕廳後。厥後衙樓、後堂、耳房俱圮壞。丞艾思直建衙樓，令余亢繼葺之。置壺漏鼓角，令郭紳修耳房，建吏舍，令張弘宜建後堂。前為穿堂，以接正廳。改土地祠為「冊局」 ，令江徵修葺之。正德戊辰，令戴顯改耳房以貯冊籍、祭器。萬曆辛卯，令曹學程更建。天啟丁卯及崇禎己巳，東西兩廊燬於火。辛未冬，知縣宋奎光復建。
皇清順治戊戌，圮。康熙丁未，令黃命賢復建。
縣丞署 在堂東，今廢。
主簿署 在堂西後。主簿裁，丞移作署，丞李友泌增建堂舍及後廂。
典史署 在正堂西，舊為正衙樓軒，曹學程改建。
察院行臺 在縣治東五十步。明洪武間，令李茂創建。舊為按察分司，後移司改院，今廢。布政司 ：在治西北二百步。明正統五年建，今廢。
按察司 在治西二百步，原白嶠驛基。明嘉靖間改司。今旁置馬王廟。
海道司 在治東二百步，妙相寺前。明萬曆辛巳，黃淳建。
鐵場巡檢司 在治北六十里。
竇嶴巡檢司 在治東南八十里。
陰陽學 、醫學 俱在縣治之南。
僧會司 在妙相寺，今廢。
道會司 在東門外元妙觀，今廢。
存留倉 在治儀門東。明成化二十二年，令張弘宜建，久廢。
預備倉 與《存留》相對。
養濟院 舊在治西四十步，廢。明成化十五年，令郭紳建於南門外一里。
漏澤園 在縣東四里白嶠山。宋崇寧二年奉詔置，歲遠迷失。
《義阡 》二處一在東隅一里，一在社稷壇西北隅。
