凡供用藥餌，國初令醫官就內局修製，本院官診視 御脈，御醫參看校同。內臣就內局合藥，將藥帖連名 封記，具本開寫本方藥性、治證之法，於日用之下，醫 官、內臣書名以進，置簿曆，用中書省印合縫進藥。奏 本既具，隨即附簿，年月下書名，內臣收掌，以憑稽考。 凡烹調御藥。本院官與內臣監視。每二服合為一服。 候熟分為二器。其一器御醫先嘗，次院判，次內臣。其 一器進御
南京太醫院藥餌、俱南京禮部收到、各處解來生藥 製造。計湖廣等布政司、南直隸府州、歲解本院藥材 七千二百四十四斤六兩
憲宗成化二十三年詔禁進貢藥材
按《會典》，「凡藥材如丹砂、鹿茸等項，先因在外鎮守等 官額外進貢，沿途害人。成化二十三年，詔禁止勿進。」
世宗嘉靖十年准南京諸營各置藥局考選醫士提調
按《會典》：「南京太醫院，凡南京各營該用藥餌，俱撥醫 士隨病供應。」嘉靖十年，議准，每營各置藥局，從南京 禮部督同本院考選精通藝業醫士一人，在局提調。 待三年無過，給與冠帶；九年無過，送吏部銓授，署吏 目，仍前提調。其各局藥材，俱從南京禮部劄行本院 解發。
嘉靖十三年定「歲辦藥材」本色折價額。
按《會典》，凡天下歲辦藥材，俱于出產地方泒納。永樂 以後，額定五萬五千四百七十四斤。成化以來，其數 漸增。至嘉靖初，通計二十六萬四千二百二十七斤 有零。十三年議准，歲辦藥材，以十分為率，九分採辦 本色，雖遇災傷，不許折價，其一分折銀解送，以備收 買應用。
嘉靖十七年定「歲辦各省藥材額」
按《會典》，「凡天下歲辦藥材，嘉靖十七年令俱徵解本 色，不許折價。」後題減一萬五千五百四十一斤零，易 金箔、硃砂、麝香等藥。今見辦共計二十四萬九千五 百八十一斤零。
浙江布政司所屬府州縣，原額紫菀等藥共三萬一 千九百九十斤五兩，金箔一百八貼，銀箔七十二貼。 後題減三百八十斤，易金箔八百貼，實該三萬一千 六百一十斤五兩，金箔九百八貼，銀箔如舊。
江西布政司所屬府州縣、原額《香薷》等藥、六千一百 四十二斤二兩六錢
湖廣布政司所屬府州縣、原額貝母等藥五千八百 九十四斤二錢。白花蛇九條。烏蛇十條。後題減二千 二百五十九斤十二兩四錢。易硃砂、麝香一百四斤。 實該三千七百三十八斤三兩八錢
福建布政司所屬府州縣，原額「青黛等藥二千七百 五十九斤七兩七錢一分。後題減十四兩四錢，易天 竺黃五斤，實該二千七百六十三斤九兩三錢一分。 四川布政司所屬府州縣，原額附子等藥一萬七千 三百二十一斤八兩；天雄四對，後題減二千八百三 十斤，易麝香、犀角九斤；琥珀二十兩，實該一萬四千」 五百一斤一十二兩。
廣東布政司所屬府州縣，原額藿香等藥九千二百 三十四斤三兩四錢，蛤蚧一十七對。後題減三千七 百斤。易沈香等藥二百三十五斤，片腦三十兩。實該 五千七百七十一斤一兩四錢
廣西布政司所屬府州縣，原額「零陵等藥五千八百 八十斤，後題減二十斤，易山豆根等藥二百四十斤； 片腦三十兩，實該三千八百二十一斤十四兩。」 山西布政司所屬府州縣，原額「蒼朮等藥八千八百 七十斤十兩七錢，後題減五十斤，易麝香十兩，實該 八千八百三十斤十兩七錢。」
山東布政司所屬府州縣原額天麻子等藥八千四 百四斤一兩九錢。蒼朮二萬二千四百八十斤。 河南布政司所屬府州縣原額葳靈仙等藥八千四 百九十一斤十二兩
陝西布政司所屬府州縣、原額升麻等藥。原額一萬 二千九十九斤七兩。後題減二千二百二十一斤。易 雄黃等藥五百三斤。實該一萬三百八十一斤七兩。 遼東都司、原額人參等藥八百斤
應天府、原額生元胡等藥五千八百五十九斤。《蒼朮》 三萬九千六百九十斤
鎮江府、原額半夏等藥、三千七百二十六斤。蜈蚣四 十五條
蘇州府、原額海金沙等藥一萬一千八百四十四斤。 後題減二千一百斤。易金箔一千貼。實該九千七百 四十四斤
松江府、原額紫蘇一千一百七十斤
徽州府、原額茯苓等藥、九百四十九斤八兩
寧國府原額半夏等藥九千九百八十六斤十一兩 二錢五分。烏爛蟲蛀下木瓜二十個
太平府、原額榆皮等藥、二百八十一斤十四兩七錢
