按責「成三司府州縣衛所各清軍官，專供本職嚴行 清勾。其任滿給由、將造完清勾文冊徑送兵部查考。 如無部冊，移文吏部，不准給由。撫按官仍每年將各 官清勾數目備開」一揭送部。武庫司主事一員專管 收查。本部分別未完多寡，於年終類參。
萬曆十三年議准，軍官部功陞賞，延綏班軍免戍，廣 西設立兵營防守，又罷閱邊差官。令巡按御史遍閱 邊備京營歇操事宜，及南京各衛所軍匠之制。 按《明會典》，「凡軍官部功，萬曆十三年議准，都指揮使 陞級陞俸者，例不加授。」都督職級，應陞職一級者，照 舊給賞銀五十兩；應陞俸一級者，賞銀二十五兩。 又按《會典》：「延綏入衛兵，萬曆十三年題准，延鎮備禦 陝西西安并潼關、蒲州各衛所班軍，暫免遠戍，徵銀 解邊， 廣西防守。」萬曆十三年題准，「府江各賊，雖經 大征，未設戍守，復據舊巢為患。自山洞峰門大窯沖 起，歷桐江桐亮沖，經仙迴馬尾、歸化佛槽等處，設兵 立營，於八路大澗面沖大窯，截其西崖通修、荔二縣 後戶，桐江、大亮、田沖，各立一營，據其堂奧；又於木浪、 馬尾、平峒、三妹要衝，各立一營，守其腹心；歸化、佛槽、 洛口、肆沖，各立一營，截其西崖；通仙迴、昭平前門，築 立營堡，列以土司，募兵屯種操防。」 凡巡閱，萬曆十 三年，令閱邊差官暫罷。敕各該巡按御史遍閱所屬 地方邊備，及查盤錢糧，稽覈工程，一併奏報。該部覆 請，分別賞罰。又令巡撫總兵官俱依期巡閱沿邊地 方，不許專駐一城 凡操練。萬曆十三年題准：春秋 停操月分，舊例分為四班進點。今後歇操之月，閒日 止用二營進點，不得仍前分為四班，往返奔馳，徒滋 勞憊。 又按《會典》，「凡南京各衛所逃故軍匠。萬曆十 三年議准，南京應勾軍丁六萬四千有奇，天順以前 年遠戶丁盡絕者，明白申豁。其近年逃故，照冊清勾。 年終將各有司清解多寡，舉刺獎戒。 一、各衛所原 係祖軍逃故無人頂替者，嚴行勾補。其義男女婿、外 甥等項，情願接替者，簡選精壯，許其補充，食糧操備。 後遇戶丁起解，不妨改正。其義男女婿外甥故絕，即 與申豁。 一」、南京屯軍免行清勾，聽屯田御史召補 精壯。其內府軍匠，聽戶部將額匠月糧每名扣銀二 錢二分五釐，類解該監應用。仍查先年所撥別項軍 人，見在納辦工卯銀兩者，掣回原衛差操。
萬曆十八年，准兵部尚書田樂條陳防禦要機： 按《續文獻通考》：萬曆十八年二月，兵部尚書田樂陳 《防禦要機》：「一、查額兵，通行邊、腹省、直各該督撫衙門 備查所屬衛所若干，每衛原額兵各若干，逐一查明 缺伍者，設置管操千把總等官，時加操演，習其技藝， 令行伍充實，兵皆精銳。一、簡民壯。督撫衙門轉行所 屬各府州縣官，將見在民壯，備行查選。務須身軀雄 壯、膂力過人、技藝閑習者，各給腰牌，填寫年貌、籍貫、 所習器械，編成隊伍。捕官每月小操一次，印官每季 會操一次。該道每歲巡閱一次，餘日聽其自行逐隊 演習，不得仍前差遣，有妨訓練。」一、練鄉兵。撫臣嚴令 所屬地方，各於鄉邑之中年少力強者，籍「名在官授 器仗於農隙之時令其訓練習熟。既可弭盜、又可保 身。該地方仍不時程課之。且諭以訓練之意。潛消其 邪心不許逐隊排營往來騷擾毋令在官人役假托 查驗以致妨業滋費。一嚴保甲播賊入京，往來無阻 至黔始被盤獲皆保甲不嚴之故。宜行所屬地方官 加意舉行。十家為甲立之」長，十甲為保立之正；互相 稽查，人相告戒。某日、某家、某人不在，作何事故，先究 根由，家報之甲，甲報之正。容隱事發者，一體連坐。如 外來面生可疑之人，即嚴盤詰。倘容留潛住，連坐不 貸。此弭盜安民之上策也。一、禁左道。如「白蓮」、「無為」等 教，一唱百和，夜聚曉散，男女混淆；講經說法，并士紳 亦逃儒入「禪：皆不可為訓。宜令內外地方不時巡緝。 無論流寓本地之人，但有巧立名色、居無正業、口出 訛言、聚眾糾黨、挑引愚弄、詐騙財物，即行嚴拿依律 究遣。其關津要害又深山大谷之中，須嚴諭居民務 保身家；或容隱匿自干罪戾，則廁身無地，惡黨潛消。」 一、議：應援：「凡遇地方有奸盜生發，不分別省隔屬念 篤脣齒互為掎角，或邀截其前，或追逐其後，或橫擊 其中，同心共力，勦除兇黠，有功一體敘錄，失事分別 懲究。」一、勤訓練。撫臣通行鎮道將領等官，各將所屬 兵馬，揀選訓練整齊，合用器械，置造鋒利；一遇有警， 隨調即發。一、信賞罰。查各道所屬各府州縣衛所若 干，見在食糧之軍若干，上班若「干，影射貼役若干，今 精練若干，以至《民壯》」、《鄉兵》《保甲》、應援訓練諸法，咸照 此稽核。如所屬各官，果能實心行事，著有成績，特廉 其最者，破格薦揚，不次擢用。若徒事虛文，陽遵陰違， 亦廉其最者，指名從重參斥。各照信地遠近，以文到 之日為始，遠者限半年，近者限四箇月以裏回奏。其 有違慢不遵者，許該科查參處治。俱依擬。
「萬曆二十八年征楊應龍，以所調延寧四鎮、河南、山 東、天津、滇、浙、粵西兵分為八路
