司軍衛員役，不分事情輕「重，務要登時從實申報。如 有隱匿者，撫按官即將各該員役應提問者提問，應 參奏者就便參奏，酌量情罪，議擬上請，不許容隱。」其 撫按官遇有報到，若係殺官劫庫、劫獄，并聚至百人 以上，或嘯聚不散，及城內打劫至殺人者，即行奏報。 其民間被劫事情稍輕者，類入「《歲報》冊內，年終具奏， 俱不許容」隱，違者聽部院該科參奏重治。
又令各軍屯與有司交錯去處，照坐落地方屬兵備 官管轄。遇重大賊情，併力逐捕。如有失事，該巡捕軍 官亦聽兵備參呈撫按衙門提究。各省直但有軍屯 者，俱照此例。
又議准：「京城內外，但有強盜得財傷人者，巡捕把總 兵馬等官即時擒獲免罪，仍論功敘錄。若有逃脫，俱 即住俸，限三箇月以裡。挐獲一半以上者，姑准開俸。 過限不獲，各罰俸三箇月。仍總計一年之內」，除盡數 挐獲及挐獲一半免罪者不計外，城內積至五起，城 外十起以上，俱問罪，降一級，文官仍調外用。
萬曆十二年議准：「漕運官軍糧米短少，將船放失漂 流，遂乘機侵匿者，永遠。邊衛前後幫知而不舉者，連 坐。」又漕運把總等官，漂流數多者，俱照石數問罪。軍 旗赴別衙門挾告運官詐財者，挐問，發邊衛。漕運官 軍，有中途糶賣，臨倉掛欠者，照律例問擬。其餘官旗 各總計欠數問罪。漕運把總等官及跟官書筭人等， 有科索運軍財物者，俱照依銀兩多寡問罪。衛所官 完糧備造支銷數目不明，及有侵欺等弊者，依律問 擬。把總官參問，漕運錢糧有侵盜者，依律治罪。令貪 官科斂者，按情輕重依律例問擬。侵欺海邊錢糧者 重罪。又一切內府倉場軍需等項，但有包攬誆騙者， 依例問發。
按《明會典》：「萬曆十二年議准，漕運官軍，如有水次折 乾，沿途盜賣，自度糧米短少，故將船放失漂流，及雖 係漂流，損失不多，乘機侵匿，捏作全數，賄囑有司官 吏，扶同奏勘者，前後幫船及地方居民有能覺察告 首，督運官司查實，給賞輕齎銀十兩。官軍不分贓數 多少，俱照例發邊衛永遠充軍。有司官吏從重問擬」， 仍行原衛所將失事之人家產變賣抵償，不許輕扣 別軍月糧，以長姦惡。《前後幫》知而不舉，一體連坐。仍 于正犯所欠錢糧內，責令幫賠十分之三。
又議准：「漕運把總、指揮、千百戶等官，如有漂流數多， 把總三千石，指揮及千戶等官全幫領運者，一千石、 千戶、五百石、百戶、鎮撫二百五十石，俱問罪，于見在 職級上降一級。」有能自備銀兩，不費別軍羨餘，當年 處補完足者，免其問降。若願隨下年糧運補完，亦准 復職。止完一半，准復一級。三年內儘數補完，亦准復 原職。
又議准：軍旗有欲呈告運官不法事情者，許候糧運 過淮并完糧回南之日，赴漕司告理。如赴別衙門挾 告詐財者，聽把總官就挐送問，犯該徒罪以上，調發 邊衛充軍，另拘戶丁補伍。
又議准：「凡漕運官軍，敢有水次折乾，及中途糶賣，以 致抵壩起欠，及臨倉掛欠者，即係侵欺。除正犯查照 律例問擬外，其餘官旗，仍各總計名下欠數，總小旗 欠一百石，問發哨瞭。百戶。鎮撫欠二百五十石，千戶 欠五百石，指揮及千戶等官全幫領運者欠一千石， 把總官欠三千石，俱問罪降一級，發原衛所帶俸差」 操、有能臨時設法買補完足、止作折賣正犯、各官旗 免罪。其雖不係侵盜、但有虧折、俱照前例擬斷。若總 欠數多、及麤惡不堪至三萬石以上，總督總兵等官、 另行奏請定奪
又議准：漕運把總、指揮、千百戶等官，索要運軍常例， 及指以辦供等費為由科索并扣除行月糧與船料 等項，值銀三十兩以上者，問罪立功，五年滿日，降一 級帶俸差操。如未及三十兩者，止照常科斷。其跟官 書筭人等，指稱使用，科索軍人財物入己者，計贓論 罪。如至二十兩以上，發邊衛充軍。
又議准：衛所官完糧後，備造支銷數目，呈報稽考。若 有造報不明，及侵欺靠損情弊，許運軍指實首告，各 查照律例從重問擬。把總官失于覺察，參問治罪。 又題准：凡漕運錢糧，有侵盜銀三百兩、糧六百石以 上，俱照侵盜本律，仍作真犯死罪。係監守自盜者，斬。 係常人盜者，絞。
又令「貪官科斂贓至五百兩以上，情重者引例發遣， 情輕者依律問擬，俱追贓還官。」
又令侵欺邊海錢糧千兩以上問斬。監故者，家產盡 絕，免追，仍拘伊男發遣。
又議准：內府錢糧，及內外倉場糧草，并各處軍需等 項，不拘起存，但有包攬誆騙銀一百兩、糧二百石以 上不行完納者，照弘治十三年例問發。
萬曆十三年，定充軍及真犯死罪、斬絞罪。又題准：「官 員不得已而棄官回籍者，止坐以擅離之罪。」陝西腹 裡地方，西安等三府招商印給引目，運發餘茶發賣
