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此外，行政長官亦可以在緊急情況下命令適用第 25條規定的特別措施，如限制可能導致傳染病傳播的有人群聚集的社交、文化、康樂或體育等活動的舉行，限制或禁止感染、懷疑感染或有受到感染危險的非本地居民進出澳門特別行政區，限制或禁止導致或可能導致傳染病發生或傳播的某類行業的經營或某類場所的運作，命令全部或部分中止公共部門的運作等等。
在上述措施以及法律規定的其他措施中，部分已被採取，另一些則仍未被適用，包括限制舉行有人群聚集的活動。
立法會第二常設委員會在審議《傳染病防治法》法案 時提交了《第1/Ⅱ/2004號意見書》，明確指出：「本法案按照各公共部門之間的緊密合作計劃並借助個人或私人實體的合作，賦予政府在防治傳染病方面的權限。這種合作以合作的義務為基礎，規定於法案第三條(合作的義務)，根據該條規定，"為達至預防、控制和治療傳染病的目標，個人及公共或私人實體均有義務與主管實體依法緊密合作，遵守主管實體所發出的命令及指引"。」
在審議法案的過程中，立法會議員與政府代表亦就政府根據法律的規定適用一般措施和特別措施對個人權利和自由的限制進行了討論，從中可以看到， 政府在面對嚴重疫情時以公共衛生和健康為
